Hola a todos,
Estoy intentando ensamblar un genoma de maxicirculo usando CANU y otro ensamblaje utilizando unicycler a partir de datos de secuenciación obtenidos en Minion Oxford ,Nanopore.Ambos ensamblajes me dan error
* { "code_desc": "", "desc": "Error fatal: Código de salida 1 ()", "error_level": 3, "exit_code": 1, "type": "exit_code" }
y tambien en error estandar de la herrmanienta unicycler esto:
Rastreo (llamadas recientes más última):
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/bin/unicycler", línea 10, en <módulo>
sys.salir(principal())
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/unicycler.py", línea 82, en principal
determinar_copia_profundidad(gráfico)
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 74 , en determinar_copia_profundidad
determinar_copia_profundidad_parte_2(gráfico, configuración.COPY_PROPAGATION_TOLERANCE, copiar_profundidad_tabla)
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 10 4, en determinar_copia_profundidad_parte_2
determinar_copia_profundidad_parte_2(gráfico, tolerancia, copia_profundidad_tabla)
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 10 4, en determinar_copia_profundidad_parte_2
determinar_copia_profundidad_parte_2(gráfico, tolerancia, copia_profundidad_tabla)
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 10 4, en determinar_copia_profundidad_parte_2
determinar_copia_profundidad_parte_2(gráfico, tolerancia, copia_profundidad_tabla)
[La línea anterior se repitió 984 veces más]
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 10 3, en determinar_copia_profundidad_parte_2
si redistribuir_copia_profundidad (gráfico, tolerancia, copia_profundidad_tabla):
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 24 0, en redistribuir_copiar_profundidades
arreglos = shuffle_into_bins(copiar_profundidad, contenedores, objetivos)
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 45 9, en shuffle_into_bins
arreglos += shuffle_into_bins(elementos[1:], bins_copy, objetivos)
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 45 9, en shuffle_into_bins
arreglos += shuffle_into_bins(elementos[1:], bins_copy, objetivos)
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 45 9, en shuffle_into_bins
arreglos += shuffle_into_bins(elementos[1:], bins_copy, objetivos)
[La línea anterior se repite 3 veces más]
Archivo "/usr/local/tools/_conda/envs/mulled-v1-db3e342689a12eb9f9b15f8e2f2495f6124f67ba6fc02c95955211476a2b12c5/lib/python3.9/site-packages/unicycler/assembly_graph_copy_ Depth.py", línea 46 3, en shuffle_into_bins
elif all(x para x en contenedores) y \
RecursionError: se superó la profundidad máxima de recursividad
y en canu el arroz que me aparece es ERROR:
-- ERROR: No se pueden recortar ni ensamblar lecturas sin procesar (sin corregir).
-- ERROR: - Si las lecturas están corregidas, agregue '-corregido'.
-- ERROR: - Si las lecturas son sin formato, elimine '-trim' o '-trim-assemble'.
-- ERROR:
-- ERROR: leeAreRaw=verdadero
-- ERROR: modo=recortar-ensamblar
-- ERROR: y
-- ERROR:
-- ERROR: No se pueden recortar ni ensamblar lecturas sin procesar (sin corregir).
-- ERROR: - Si las lecturas están corregidas, agregue '-corregido'.
-- ERROR: - Si las lecturas son sin formato, elimine '-trim' o '-trim-assemble'.
-- ERROR:
-- ERROR: leeAreRaw=verdadero
-- ERROR: modo=recortar-ensamblar
y en el error estandar de la herrmanienta vacio