Extract nanopore events

, ,
1

je souhaite analyser les données de séquençage du virus Mpox sur nanopore

2

Salut!

Merci pour ta question concernant l’analyse des données de séquençage du virus Mpox avec Nanopore. Tu peux utiliser notre instance Galaxy dédiée à cette technologie ici : https://nanopore.usegalaxy.eu. Si tu n’es pas en Europe, tu peux aussi utiliser l’instance Galaxy aux États-Unis : https://usegalaxy.org ou en Australie : https://usegalaxy.org.au. Voici quelques étapes pour démarrer :

  1. Importation des données: Charge tes fichiers de séquençage bruts (au format FASTQ) via l’outil “Upload Data” dans Galaxy.
  2. Contrôle qualité : Utilise “FastQC” pour vérifier la qualité de tes lectures et identifier les séquences de mauvaise qualité.
  3. Trimming et filtrage : “Porechop” ou “NanoFilt” te permettront de trimmer et filtrer les lectures en éliminant les adaptateurs et les séquences de mauvaise qualité.
  4. Assemblage : Si tu veux assembler le génome viral, tu peux utiliser des outils comme “Flye” ou “Canu”, adaptés aux lectures longues de Nanopore.
  5. Alignement et annotation : Aligne et annote tes séquences avec “Minimap2” ou “BLAST”.
  6. Variant Calling (facultatif) : Si tu veux détecter des variants, utilise “Medaka” ou “Nanopolish”.

N’hésite pas à explorer ces outils sur l’instance Galaxy de ton choix. Si tu rencontres des difficultés avec un outil, tu peux soumettre un rapport via Galaxy ou nous contacter à galaxy@informatik.uni-freiburg.de si tu es en Europe.

Bonne chance pour ton analyse ! :partying_face: